حضرت آیت اله خامنه‌ای در دیدار شرکت کنندگان در کنگره بین‌المللی نقش شیعه در پیدایش و گسترش علوم اسلامی، مهمترین نیاز امروز دنیای اسلام را وحدت و یکپارچگی و همچنین حرکت جدی برای پیشرفت علمی در همه علوم دانستند و تأکید کردند: امروز بیداری در دنیای اسلام به‌وجود آمده است و به‌رغم تلاش غربی‌ها برای انکار آن، این بیداری زمینه ساز گرایش بیشتر به اسلام و نویدبخش آینده‌ای بهتر است. رهبر انقلاب اسلامی با قدردانی از دست‌اندرکاران و پدیدآورندگان این همایش، به‌ویژه شخص حضرت آیت اله مکارم شیرازی، گفتند: امروز هر حرکتی که موجب شناخت بیشتر گروه‌ها و فرقه‌های اسلامی از یکدیگر شود، یک حسنه است و این گردهمایی از مصادیق حرکت در جهت اتحاد امت اسلامی است. حضرت آیت اله خامنه‌ای با اشاره به تلاش دیرینه دشمنان برای رو در رو قرار دادن مسلمانان، افزودند: در چنین شرایطی، هر عملی که موجب شناخت مسلمانان از نقاط قوت یکدیگر و زمینه‌ساز هم‌افزایی آنها شود، به وحدت و یکپارچگی امت اسلامی کمک خواهد کرد. ایشان به نقش شیعه در طول تاریخ برای اعتلای علوم اسلامی و طبیعی اشاره و خاطرنشان کردند: این آثار و خدمات گرانبها باید به امت اسلامی معرفی شوند زیرا مایه افتخار و موجب یکپارچگی خواهند بود.
رهبر انقلاب اسلامی با تأکید بر لزوم مراقبت جدی برای جلوگیری از ایجاد هرگونه شائبه و گلایه میان فِرَق اسلامی، گفتند: یکی از مسائل بسیار مهم و مورد نیاز کنونی دنیای اسلام، موضوع پیشرفت علمی و حرکت جدی در این زمینه است. حضرت آیت اله خامنه ای، علت اصلی تحت سلطه قرار گرفتن دنیای اسلام را عقب ماندگی علمی دانستند و افزودند: دنیای غرب بعد از قرن‌های متمادی عقب ماندگی علمی، توانست با استفاده از پیشرفت‌های علمیِ دنیای اسلام، ثروت و قدرت علمی، نظامی، سیاسی و تبلیغاتی خود را افزایش دهد و در نهایت با استعمار، وضعیت کشورهای اسلامی را به شرایط کنونی برساند.
ایشان با اشاره به زورگویی قدرت‌های غربی به کشورهای اسلامی و دنباله روی بسیاری از حکام این کشورها از زورگویان بین‌المللی، تأکید کردند: این شرایط باید به‌واسطه پیشرفت علمی کشورهای اسلامی تغییر کند و دنیای اسلام می‌تواند بار دیگر در قله تمدن بشری قرار گیرد. رهبر انقلاب، حرکت در مسیر پیشرفت علمی را وظیفه حکومت‌های اسلامی و نخبگان آن برشمردند و گفتند: نخبگان دنیای اسلام باید یک حرکت عظیم فکری و یک خواست عمومی برای پیشرفت علمی و رسیدن به قله علم و دانش را به وجود آورند. حضرت آیت اله خامنه‌ای از حرکت جمهوری اسلامی ایران در مسیر پیشرفت علمی به عنوان یک نمونه موفق یاد کردند و افزودند: بر اساس گزارش‌های مراکز علمی جهانی، شتاب حرکت علمی ایران در سالهای گذشته، ۱۳ برابر متوسط جهانی بوده است. ما این مسیر را تا رسیدن به مرزهای علم و دانش ادامه خواهیم داد و ایران بر خلاف غربی‌ها، آمادگی انتقال دستاوردها و پیشرفت‌های علمی خود را به دیگر کشورهای اسلامی دارد.
رهبر انقلاب، پیشرفت در علوم اسلامی و علوم طبیعی را ضروری خواندند و افزودند: یکی از مواردی که اسلام می‌تواند در مسائل مختلف بشری حرف نو داشته باشد، در زمینه مسائل فقهی است که باید در این زمینه کار بیشتر و جدی‌تری انجام شود. حضرت آیت اله خامنه‌ای با تأکید بر اینکه باید در زمینه فلسفه و علوم عقلی، سرعت حرکت علمی افزایش یابد، گفتند: غربی‌ها، فلسفه خود را تا عرصه‌های مختلف مسائل سیاسی و اجتماعی امتداد داده‌اند و ما نیز باید چنین کاری را انجام دهیم زیرا فلسفه اسلامی، قوی‌تر، ریشه‌دارتر و مستحکم‌تر از فلسفه غربی است. ایشان با اشاره به گسترش بیداری در دنیای اسلام و افزایش گرایش به اسلام در جهان، خاطرنشان کردند: امروز جوانان در دنیا، سؤال‌های زیادی دارند که می‌خواهند پاسخ آنها را در چارچوب اسلام بیابند، بنابراین باید حرکت علمی در دنیای اسلام شتاب بگیرد و امت اسلامی بار دیگر به اوج اقتدار علمی و تمدنی خود برسد تا دشمنان اسلام و امریکایی‌ها نتوانند به رؤسای کشورهای اسلامی دستور بدهند و باید و نباید بگویند.